據(jù)碑刻記載，早在宋代大理國統(tǒng)治此地時期，這里是一片茂密的森林，常見一只鹿出沒其間。一天，有人逐鹿至林中，鹿忽不知去向，只有一異人前來，指著森林對眾人說：“鹿居此久矣，汝輩為何取它？”言畢，亦復(fù)不見。眾人皆驚詫，以為遇到神人仙鹿，便立小廟，繪塑神像以祀。許愿求神者認為靈驗，香火日盛。到了元代元貞年間（1295－1297），郡人何昌明于此大興土木，請來中原工匠，改建為一殿二塔，繪塑佛、菩薩、大士之像，棲住持，每日晨鐘暮鼓，香煙繚繞，成為參禪拜佛之所。并取前述異人事，書“指林寺”匾懸于門楣。因而，碑刻稱：“寺始于宋，成于元，而興于今�！�

　　明清時期，指林寺內(nèi)又增建了天王殿、地藏殿、藏經(jīng)閣、準提閣、環(huán)翠亭等，“幡幢雜沓，鼓鐘振揚，為一郡瞻依之所”，“有十方大禪剎之風(fēng)”，而成為滇南的著名禪寺。明代學(xué)者、狀元楊升庵謫滇期間，曾應(yīng)建水歸里進士葉瑞之邀，寓居小桂湖泮，并“游顏洞，棲指林”，作有《指林寺》詩一首：“梵音妙音海潮音，前心后心皆此心。試詢禪伯元無語，白水青岑環(huán)指林�！�

　　此禪院尤以建于元貞年間、現(xiàn)在保存完好的正殿聞名于世。經(jīng)北京古建筑專家考察，證實確屬距今700余年的元代古老木構(gòu)架建筑，省內(nèi)少有，全國亦屬罕見�，F(xiàn)僅存指林寺正殿和指林寺牌坊。正殿內(nèi)保存有兩幅佛教工筆白描壁畫，為明朝永樂年間成畫。一幅為釋迦牟尼講經(jīng)圖，一幅為孔雀明王法會圖。正殿丹墀前有指林寺牌坊“第一山”,相傳為流之來滇的建文帝光顧指林寺所題。現(xiàn)為省級重點文物保護單位。