文廟原稱孔廟，原為春秋時期儒教創(chuàng)始人孔子(名丘，字仲尼)的家廟，故稱孔廟。從唐玄宗賜封孔子為“文宣王”以后，孔廟就被改稱“文宣王廟”，并詔令全國各州縣依制隆重奉祀。明代因與武廟(關帝廟)對應，改稱“文廟”。在滄桑歲月中，平遙文廟曾經歷過三移其址的風雨。據清光緒八年(1882年)《平遙縣志》載：明崇禎九年(1636年)，時任知縣王凝命上任祭拜孔廟后說，文廟隔街背對著“太子寺”，太子貴為儲君，而孔子再高貴也屬臣僚之列，臣廟居于君寺之前，有悖禮制，大不敬也!便強令互換，文廟改做太子寺�！逼鋵崳�太子寺是一佛教寺院，因佛祖釋迦牟尼出家前是古印度迦毗羅衛(wèi)國的王太子而得名，與儒教之文廟純屬風馬牛不相及。這位王知縣是云南昆明人，賜進士出身．可謂孔子的“高徒”，卻如此迂腐�？h士紳雖明知荒唐，卻畏其權勢，不敢與之爭，哭笑不得�！盎恼Q鄙俚最為不經，侮圣褻賢，不知其意之所在，相沿數十年，生儒抱恨不能更定。至康熙十四年知縣柏鄉(xiāng)魏裔愨至，詢得其由，按圖考察，慨然興作，祥具各憲，仍以故寺為寺，而建新廟于舊所，闔邑稱快�！�(《平遙縣志-學校志》)這樣，至清康熙十四年(1675年)，才由知縣魏裔愨(直隸柏鄉(xiāng)縣舉人)移改。平遙的一件“糊涂官辦糊涂事”的千古奇案，自此方得了結。

　　而據明萬歷三十七年(1609年)《汾州府志》載：“平遙縣儒學，舊在縣治東。嘉靖八年(1529年)，巡按穆公準呈，以前太子寺更之�！庇謸�清乾隆三十六年(1771年)《汾州府志》載：“崇禎九年，知縣王凝命，復以文廟與太子寺互更。國朝康熙十四年，知縣魏裔愨，按嘉靖八年以后移改�！闭f明在明嘉靖八年前，現在文廟址上本為佛教的太子寺，其北面的太子寺(已毀)，才是最早的平遙文廟舊址。因而現存金大定三年重修的“大成殿”，最早應當也是佛教殿宇，其后墻上現存的后壁中門檁及門形仍存，似為佛教寺院的“中殿”格式，也是歷史上“文廟三遷”的痕跡。

　　平遙文廟歷來為縣學所在，直至清光緒末年廢除科舉后，縣學才停，改辦為“平遙縣實業(yè)學�！�，開始了新學。到1923年，一些商賈財東捐資在文廟辦起了“平遙勵志中學�！保�縣長郭學謙還題寫了校名門額，后改為官辦平遙中學校，遷址到察院街。1950年，太岳中學同平遙中學合并，校址又設在文廟，其建筑基本保存著原貌，只拆除了欞星門、西學、省畜所。20世紀50年代末，修建平遙中學教學樓時，拆除了超山書院、敬一亭、尊經閣。1997年平遙古城被列為世界文化遺產，平遙文廟也被列為全國重點文物保護單位。在中共平遙縣委、縣政府、平遙中學和上級有關部門的大力支持下，平遙中學于2003年全部遷至東城外新校址。文廟得以重新復原，成為平遙古城的主要文物旅游景點之一，2004年正式向游人開放。