該寺坐西朝東，正門門樓闊三間，高十米，單檐歇山，古棚出廈，琉璃瓦頂，朱門銅飾，門媚楷書“化肇無極”，“清真寺”黑地金字懸于上方。另兩側各有便門一個，繼之青磚布瓦，雕花圍墻，門臉建筑頗有氣勢。

　　寺內院落分為前庭、中庭和大殿。前庭院左右有南北義學各三間，正面是一座高約20米的二層三蒙班克樓，灰墻紅柱，石雕斗拱，攢尖綠頂，飛檐高翹。樓內下為閣，上為廳，四周裝有祀字形花梭欄桿，頂部有木質遺雕裙腰板、垂花柱，木作精致。樓兩側各有便門一個，各建筑為重檐頂，相互映輝，華麗堂皇。

　　中殿由望月樓、南北便門、南北配殿、東耳房組成。望月樓為中院起點，下層為閣，磚砌石墻，飾圓窗，四周以12根方柱筑成圍廊，上起四面飛檐，廊柱間加棱形花欄桿；上層為廳，全木結構，外有窄廊，可過人，四周圍卐形花欄桿，頂部有木質浮雕腰板，垂花柱。此樓二層三蒙，重檐轎子頂（上層為重檐，下層為單檐），綠琉璃瓦罩頂。三層飛檐的飾物均為綠琉璃瓦制。

　　望月樓又稱班克樓、邦克樓、宣禮樓。望月樓：取望月確定時間之意，逢伊斯蘭教歷9月1日，登樓望月，見新月進入齋月。班克樓：清晨由宣禮員叫穆民禮拜（邦答，即晨禮，俗稱喊“班克”），現(xiàn)有鐘表，按時間禮拜，不再宣禮。

　　中庭院兩則南北陪殿各六間，且與義學石在一線，面向后坐進數(shù)尺，留下較大空間以突出大殿。正面則為三四米高的彩畫透雕三屏門—衣殿閣，出四跳斗拱層數(shù)多，出檐深度大，薄威華貴。

　　大殿庭院（丹埠）兩邊各有漢白玉石橋通向南北講堂，南講堂為阿文小學，北講堂為阿文大學。北講堂東側有北跨院，設有沐浴室、燒水間十六間。

　　丹擇上為清真寺的主要建筑——禮拜大殿。大殿由前抱廈、前殿、中殿和后窯殿四部分組成，南北寬29米，東西長55米，呈凸形，號稱“九九八十一間”，面積為1159平方米。大殿建筑分前文后武。前廈與前殿較高，中殿較低，后窯殿則以六角瑣尖頂拔起，使之有所起伏。內部巨柱方梁，落架高大，且木質咬合，懸梁吊柱，雕花刻棱。后窯殿呈方形，墻壁飾有磚雕、花池。窯殿上起六角亭子，用木蕩成藻井形，正中懸下一木雕蓮花垂柱，六邊扶欄，全部透雕彩畫。大殿地面為800多塊柏木長方板鋪就，可容1200多人做禮拜。大殿兩廊稍低，并有便門通向外邊，節(jié)日期間兩廊有幾百名婦女聽阿旬講“臥爾足”。大殿正門兩側有楹聯(lián)一副；原有明清兩代皇帝、太子太保衍圣公等達官顯貴的題匾18塊，現(xiàn)僅存“清真光明”匾一塊，藏于班克樓內，其他均為1982年以后所書。其中“圣旨”系康熙帝于康熙三十三年（1694年）為北京牛街禮拜寺所頒，文革中丟失，1982年后修寺時又到北京牛街禮拜寺抄錄了原文，刻制成匾；“清真光明”匾系孔子75代孫孔祥珂所書；“清真垂教”匾系清朝重臣張之洞之兄張之萬所書；“清真”匾系康熙或乾隆的七皇子所書；“清真寺”匾系著名書法家陳叔亮1984年所書；“萬古長青”匾系全國政協(xié)六屆委員會副秘書長、中國書法家協(xié)會理事孫軼青1992年所書；其余題匾者有：張之洞、紀曉嵐、民國總統(tǒng)黎元洪（一說北洋軍閥吳佩孚），交河縣的四任知縣及滄州人劉佩臣等。